Като всяко сложно устройство имунната система е уязвима. Нейната ефективност е в тясна взаимовръзка със състоянието на централната нервна система. Затова при стресови състояния може да се наблюдава отслабване на имунитета. Това състояние се изразява в повишена възприемчивост към всякакви вирусни, бактериални и микотични инфекции.

Други причини за срив на имунната система могат да бъдат тежки травми, изгаряния, ракови заболявания, белтъчно недохранване, хронични заболявания и т.н.

Често пъти лекарственото лечение на дадено заболяване може да предизвика увреждане на имунната система. Пример за това е продължителното лечение с кортикостероиди, както и с някои антибиотици. Прилагането на цитостатици също може да обърка имунния отговор и да разстрои равновесието в организма.

Понякога вместо да осъществява защита, имунната система уврежда организма. Тези разрушителни реакции са известни като реакции на свръхчувствителност или алергични реакции. В този смисъл алергиите са ненормално усилен имунен отговор.

По същество защитни реакции и тези на свръхчувствителността са едни и същи по своя механизъм. При някои реакции свръхчувствителността се проявява след няколко минути. Типичен пример за това е шокът при подаване на упойка, за която пациентът не е тестуван и към която той се оказва алергичен. В редица случаи обаче толерантността на имунната система към своите антигени* изведнъж изчезва. Създават се условия за имунен отговор срещу “своето”, тоест развива се автоимунитет, при който имунните клетки проявяват агресивност към тъканите на своя организъм и те ги възприемат като чужди. В резултат се развиват автоимунни заболявания като ревматоиден артрит, мултиплексна склероза, лупус еритематозус, хемолитична анемия.

Най-зловещите болести на века – рак и СПИН, имат пряко отношение към имунната система. Съвременната медицина е установила зависимост между имуннозащитните способности на организма и развитието на туморните заболявания. Те се развиват по-бурно, когато имунитетът на човека е отслабен. Увредената имунна система изпуска от своят надзор туморните клетки и те започват да нарастват неконтролируемо.

Радиотерапията и лъчетерапията с цитостатици в повечето случаи имат имунодепресивен ефект и затова за лекарите е важно да са наясно доколко имунната система на конкретния пациент е съхранена. В зависимост от това се решава доколко да се използват тези лечебни методи във всеки конкретен случай.

При болестта на СПИН /синдром на придобита имунна недостатъчност/ настъпва имунен дефицит вследствие на инфекция с ретровирус. Организмът не е в състояние да се защити дори от баналните, най-невинни инфекции.

Човек може да се роди с несъвършена имунна система. Това е т. нар. Вроден имунен дефицит. Той може да се предаде по наследство и да се прояви внезапно, без да могат да се установят конкретните причини за това. Нарушенията обикновено засягат само Т-лимфоцитите или само В-лимфоцитите и много рядко в комбинация.

Най-чести са случаите на хора, родени с недоразвит тимус или неспособност да развиват антитела. Обикновено този дисбаланс на имунната система се диагностицира в ранна детска възраст.